Проф. др Тони Милески рођен је 1973. године у Кичеву. Дипломирао је 1997. године, а магистарску диплому стекао 2002. године на Филозофском факултету Универзитета „Св. Кирило и Методије“ у Скопљу. Током студија активно је учествовао у раду студентске организације Филозофског факултета, где је био главни уредник студентског часописа „Унутрашњи путник“. У децембру 1998. године запослио се на Филозофском факултету у Скопљу као млађи асистент на Институту за безбедност, одбрану и мир. У априлу 2005. године на Филозофском факултету у Скопљу одбранио је докторску дисертацију под насловом „Политичко-географски положај Републике Македоније: процена и перспективе развоја у евроатлантском окружењу“. Тиме је стекао звање доктора наука из области студија безбедности, одбране и мира.
Дана 30. септембра 2005. године изабран је у звање доцента, а 2010. године у звање ванредног професора. Од 2015. године је редовни професор на Институту за безбедност, одбрану и мир на Филозофском факултету у Скопљу. Његови истраживачки и наставни приоритети односе се на политичку географију и геополитику, интегралну безбедност, енергетску и еколошку безбедност, миграције и конфликте.
Проф. Милески је учествовао у раду више комисија на Филозофском факултету, као и у обављању других задатака и одговорности Факултета и Института за безбедност, одбрану и мир. Између осталог, био је продекан за финансије Филозофског факултета у периоду од 15. 9. 2009. до 15. 9. 2013. године и главни уредник међународног научног часописа „Security Dialogues“. Такође је члан уређивачког одбора италијанске издавачке серије „Globolitical“, као и часописа „Contemporary Macedonian Defence“, који издаје Министарство одбране Републике Македоније. Од 2022. године члан је уређивачког одбора међународног часописа „International Problems“, који издаје Институт за међународну политику и привреду у Београду. У оквиру тог института био је и потпредседник Међународног саветодавног одбора.
Учествовао је на бројним конференцијама и семинарима и боравио на студијским усавршавањима на универзитетима у Сједињеним Америчким Државама и Немачкој. У октобру 2012. године учествовао је у Међународном програму лидерства (IVLP) који је организовала Амбасада Сједињених Америчких Држава у Републици Македонији. Програм је реализован у више државних институција, невладиних организација и универзитета у три града у Сједињеним Америчким Државама — Вашингтону, Њујорку и Бостону.
У новембру 2019. године проф. Милески је реализовао једномесечни студијски боравак на Техничком универзитету Бранденбург у Котбусу. Током боравка учествовао је у припреми међународне конференције под називом „Транспозиција Acquis Communautaire: миграције и животна средина“. У оквиру пројектних активности одржао је и гостујуће предавање међународној групи студената у оквиру семинара „Међународно право животне средине“. Тема предавања била је регулација закона о квалитету ваздуха у Македонији, са посебним освртом на загађење ваздуха као безбедносни проблем.
Био је координатор пројеката у сарадњи са DAAD фондацијом и Техничким универзитетом Бранденбург у Котбусу, у Немачкој. У оквиру програма „DAAD University Dialogue with Macedonia“, први пројекат носио је тему „Климатске промене и безбедност: глобално питање у локалном контексту“, док је други пројекат био посвећен теми „Транспозиција Acquis Communautaire у Македонији — са посебним освртом на политику климатских промена, загађење ваздуха, безбедносна питања и управљање ризицима“. Трећи пројекат реализован је 2024. године под називом „Климатске миграције на Западном Балкану: правни оквир и безбедност“, у који је био укључен и Институт за међународну политику и привреду из Београда. У периоду од 6. 10. 2025. до 10. 10. 2025. године проф. Милески учествовао је у студијској посети Универзитету у Упсали (Шведска) и Универзитету у Љубљани (Словенија) ради подстицања академске сарадње и умрежавања. Ова активност реализована је у оквиру пројекта „Supporting Brain Gain Diaspora Engagement Initiatives in North Macedonia“, који финансира IOM Development Fund.
Проф. Милески је учествовао и као уредник у преводу књиге „Дипломатија“ Хенрија Кисинџера у оквиру пројекта „Врхови светске филозофије, историје и психологије са психоанализом“, који је финансирало Министарство културе Републике Македоније.
Заслужан је за интензивну сарадњу између Универзитета „Св. Кирило и Методије“ — Филозофског факултета (Институт за безбедност, одбрану и мир) и Института за међународну политику и привреду из Београда. Сарадња је усмерена на заједничку припрему пројеката, предавања, дискусија и научних истраживања.
Аутор је више од десет уџбеника и монографија, као и више од 100 научних радова.